古籍书店，顾名思义，是指主要销售古旧书籍的店铺。在上世纪八九十年代，旧书书店在南京可谓是风生水起，如今却在逐渐衰败，数量所剩无几。位于杨公井的古籍书店南京旧书书店的代表，也在一定程度上象征着老南京人的读书情怀。
对于读书爱好者来说，古籍书店不得不逛。古籍书店是南京现存最老的书店，于1956年由南京12家私营古、旧书店合并而成，书店前身是中华书局南京分局。古籍书店最初主营历代雕版、活字版、铅、石、影印本等书籍，在全国享有较高的知名度。书店如今的人气虽大不如前，但仍有不少高校教授、古籍研究所的专家前来寻找资料。
书店设有两层，一楼主要展示新书，大部分为文学、史学类图书，均来自中华书局、上海古籍出版社、齐鲁书社等古籍出版社。此外，书店还出售碑帖、工具书等，可供读者取阅的样书不多。古籍书店的一大特点在于图书种类丰富，在这里，读者可以寻找到不少在其它书店不常见的图书，例如各种连环画。二楼主要经营旧书，包括线装古籍、碑帖拓本、字画等，此外还设有特价书区，特价书有五折、七折两种。特价书多为出版社的库存书，图书类型多样，质量参差不齐，总体一般。相比较一楼，书店二楼的图书陈列混乱、随意堆积，不方便读者找寻。
古籍书店是南京最全的线装书店，店内所藏线装书丰富、齐全，约有十余万册，在书店一、二楼均有分布。书店的线装书皆为经典图书，如四大名著、《说文解字》、《楚辞集注》、《苏东坡集》等。古籍书店不乏年代久远、极具收藏价值的珍贵图书，书店在二楼设有一间“耕砚斋书廊”，专售古籍善本，即经过严格校勘、无讹文脱字的古代书籍，这类书籍的时代下限一般在乾隆六十年，书廊内还藏有两大镇店之宝：万历年间的《江宁县志》、《甘熙手稿》孤本。
环境是古籍书店的一大短板，书店环境简单、朴素，未设阅读位，阅读体验感较差。书店无太多文创产品，不过在书店在一楼辟“信古斋”，用以展示名人书画、古玩杂件，并出售文房四宝。
