北京市第二中学分校是北京二中的初中部，于1998年正式挂牌。二中分校与五中分校同时成立，始终在扮演追赶者的角色。2017年中考二中分校有28人总分高于570分，占东城区该分段全区总人数的39%；77人总分高于564分，占该分段全区总人数的30%，二中分校在高分位的造星能力不逊于五中分校。二中分校的数学成绩优秀率为71%，比五中分校高6%，其余各学科和总分优秀率均与五中分校难分伯仲。二中分校的差距在于成绩离散化程度高，高分位学生数量虽多，但总分高于500的人数比例比五中分校低了3%，这与两校的教学理关系密切，五中分校半军事化管理，二中分校则相对自由。
二中分校教师团队实力在东城区非常强大。目前学校教职工总人数为190多名，拥有30多名高级教师、40多名一级教师，市级、区级骨干教师人数超过20人。此外，朝气、活力逐渐成为二中分校老师们的标签，一线教师中35岁以下的青年占比接近70%。年轻并不代表缺乏实力，在某次市级初中教师基本功竞赛中，二中分校有六名教师代表东城区参赛，其中五人都获得一等奖。
二中分校会进行两次分班、一次分层。最近几年新初一的分班考试会选拔出2个实验班，试卷难度不算太高，但题量非常大，甚至有学生在规定时间内无法完成语文阅读题。第二次分班是专门针对中考，学校会再度筛选出2个实验班掐尖教学。此外二中分校也有2+4学制的直升班——“航班”。与十一学校不同，航班选拔阶段是在初三，所有学生自愿报考，入选者将免除中考备考烦恼直升二中高中部。分层教学始于初二下学期，意在因材施教，早为初三备考做准备。
二中分校的分班、分层教学看似惊心动魄，其实学生压力不会太大。二中分校的作业量会逐年增加，初一、初二非常轻松，步入初三则风气突变，压力骤增，其实初二下学期的分层教学就有些铺垫作用，意在提醒学生收心——初三快要来了。二中分校校园设施精良，2017校方斥重资翻新了报告厅的网络、空调、影音设备，学生们可以期待更为精致的讲座活动。
此外，二分经常组织学生参观博物馆，并会定期举办定向越野等户外运动，动手能力强的小朋友也可关注机器人社团，二中分校学生拥有丰富多彩的课余活动。
二中分校是五中分校的老对手，虽然在中考较量中二中分校屡屡落败，但两校教学质量其实相近，高分位造星能力也不相上下。二中分校有相对轻松的校园生活，作业量小于五中分校，短版之处或许在于师资水平存在波动，二中分校曾在5年内招聘30名应届毕业生，学历虽高，但资历尚浅，不经几年历练很难发挥出应有水平，好在初二有分层、初三有二次分班，逆袭的机会不止一次。
