清华大学附属实验学校成立于2003年，其前身是专门解决子弟入学的清华大学附属初级中学，学校于2011年正式易名，成为完全中学。
清华附属实验学校与清华附中经常混淆，十多年来给家长们带来许多困惑。两校拥有各自“独立”的初中、高中部，但共享师资资源，坐落于同一个校园内。两校学生共同上学，共同玩耍，更像是同一个校园里不同的班级。与其说实验学校是附中的影子校，不如认为两校互为双子星，实验学校由于拥有民办身份，因此被某些家长认为是附中的“手套”。
清华系附属中学的班型复杂而多变，纷纷被家长、学生们冠以花名，学校也被称作“欢乐动物园”。“龙班”指一条龙计划下的2+4学制班级；“马班”是马约翰体育特长班，如此新锐的名称其实始于1986年，马约翰班致力于向大学输送专业运动员；“凤班”是声乐、美术特长班；通常入学分班考试后，学校还会再次选拔成绩优良的学生组成“虎班”，未能入选的学生则被分入平行班。近几年清华附中班型较为多变，“凤班”与“马班”始终存在，其含义未发生改变。家长们在了解“龙班”、“虎班”的线上资料时需额外警惕，相同的词语有可能是表达不同的含义，近几年附中班型有所变更，但各类花名并未随之改变。
一般来讲，清华附中的班型会在清华附属实验学校中得到镜像式呈现。前几年清华附中大肆点选“优才生”时，清华附属实验中学也设立同等数量的优才班级。入学后两校也会采用相同试卷进行分班测试，不过分班不能跨校，校方至今未将非特长生混编，清华附属实验学校的“虎班”也被成为“收费虎”。近几年艺术类特长生招生数量较少，校方会将两校艺术生合并成一个“凤班”级统一教学，清华附属实验学校的艺术生因此享受“留学”待遇。
清华附中与清华实验附属学校点着路径相同，有意者可关注水木龙华，此外附属实验学校还会将招生简章公布于清华附中的官网，按往年经验附属实验学校仅招收海淀区学生。随着班型转换，“虎班”有时也指被点招的3+3制“实验班”，不过未来清华附属实验学校各类有趣的花名有可能成为历史，最近也有传言说校方有意图采用平行分班。
清华附属实验学校与附中共享教师资源，学生们的不同之处只在于班级，不过很少能考到附属实验学校的成绩信息，这是一个“战术上很占便宜，战略上不被重视”的民办校。据北京主流教育机构纰漏，清华附属实验学校2017年中考文化课成绩平均分约为491分，在北京市较为领先，最近几年也能位居海淀前十。前几年清华附属实验学校拥有较为特色的签约升学途径，除与本部实验班签约外，还有本部普通班、实验校班级等多种类型，推荐对此方面感兴趣的家长在校园开放日亲自了解，近几年是政策变更期，需考虑政策变更风险。
与附中相比，附属实验学校生源较为参差不齐，班风有所不及。对比同类型名校的民办分校，清华附属实验学校师资力量明显占优，学费为7500元/学期；住宿费为1500元/学期。
