北医三院眼科创建2001年，获国家重点学科称号，多次入围复旦大学年度眼科医院排行榜。其眼科下属开设9个亚学科，分别与国际眼部亚科对应，其中以白内障、青光眼及视网膜专业组最具实力。
齐虹副教授是北医三院眼科的白内障专家，1995年开始成为住院医师，目前已完成近万例复杂类型白内障手术（超声乳化吸出及屈光性人工晶状体植入），擅长精确测量及建立与最适合患者的屈光度数，对各种原因的白内障手术、屈光矫治手术有丰富的临床经验。而另一位韩亮医师师从北大三院眼科前主任马志中，是美国和亚太眼科学会会员，把主要精力放在玻璃体视网膜外科专科，在渗出性年龄相关性黄斑变性、糖尿病视网膜病变、视网膜脱离等诊治方面值得信赖。
值得注意的是，2015年北医三院与江苏南通大学附属医院一并，发生了一次重大眼科医疗事故：一批患者因使用某一公司的眼用全氟丙烷气体（一种用于视网膜脱离手术及玻璃体手术的眼内填充气体材料）致盲，59名患者中有45位出现不同程度的视网膜损害，大部分患者经治疗后仍视力损害严重。不过根据国家食药监总局调查，“医院的手术室及耗材储存室符合消毒及储存要求，手术过程规范，器械购买符合相关规定”，事故原因是该公司全氟丙烷气体不及格，引起毒性反应所致。
相对协和、同仁医院的眼科，北大三院眼科患者流量不算太多，而且分区明确、分流措施做得较为完善，整个就诊过程顺畅、有条不紊。另外，需要提前预约专家号的朋友，可以关注北医三院的微信公众号进行网上预约，提前两到三天预约的话各位医师的余号还算充裕。
